O sistema de batalhas segue os peculiares combates táticos e estratégicos de Final Fantasy Tatics e Fire Emblem. Os menus mais tradicionais do gênero ganharam vários adendos relacionados à série Nobunaga, o que tornam as opções comuns mais dinâmicas e muito úteis.

Pokémon Conquest conta com aproximadamente 200 pokémons diferentes para serem capturados, e com um sistema de pokédex que contém inúmeras informações sobre cada um dos pokémons. O foco dos treinadores é formar um exército de pokémons e planejar as maneiras mais eficientes de fortalecer seus lutadores para impedir que seu castelo seja destruído e acabar com os sonhos malignos de Nobunaga.